Markus Prachensky wurde am 21. März 1932 als Sohn des Malers und Architekten Wilhelm Nikolaus Prachensky geboren. 1952 begann er an der Wiener Akademie ein Architekturstudium, das er 1956 mit Diplom beendete. Diesen Beruf hat er jedoch nie ausgeübt. Beinahe parallel studierte er an der Akademie Malerei. Unter dem Einfluss von Monsignore Otto Mauer war Prachensky 1956 Mitbegründer der Gruppe um die Galerie nächst St. Stephan - gemeinsam mit seinen Malerkollegen Wolfgang Hollegha, Josef Mikl und Arnulf Rainer. Zu seinem künstlerischen Freundeskreis zählte auch Fritz Wotruba. In frühen Arbeiten beschäftigte sich Prachensky mit strengen geometrischen Kompositionen, wechselte jedoch schon bald zu einem abstrakt-expressiven Malstil. Er zählt zu den Vertretern des informellen Tachismus („tache" = Klecks). Die Farbe Rot zieht sich dabei durch sein gesamtes Œuvre. Längere Auslandsaufenthalte in Paris, Berlin oder Los Angeles prägten die Zeit bis in die 70er-Jahre. Eine rege Reisetätigkeit vor allem zu archäologischen Stätten lieferte ihm die nötigen Inspirationen. In den Jahren 1983 bis 2000 übernahm er eine Professur an der Wiener Akademie. Auch öffentliche Aufträge wie zum Beispiel für einen großformatigen Gobelin im Innsbrucker Kongresshaus 1972 oder für ein Kirchenfenster in St. Marien in Enns 1975 bereichern sein umfassendes Werk. Neben zahlreichen Ausstellungen im In- und Ausland veranstaltete die Österreichische Galerie Wien anlässlich des 70. Geburtstages des Künstlers 2002 eine umfassende Werkretrospektive.
Prachensky starb im Juli 2011 in Wien.
